Toyota hat die Qualifikation für das Sechs-Stunden-Rennen von Fuji dominiert. Kazuki Nakajima und Brendon Hartley brummten ihren Teamkollegen fast 0,8 Sekunden Rückstand auf. Der schnellste Nicht-Hybrid-Teilnehmer war mehr als eine Sekunde langsamer. In der GTE-Pro-Klasse steht Porsche erstmals in dieser Saison auf der Poleposition.
Wenig überraschend hat sich das Team Toyota Gazoo Racing die erste Startreihe für die Sechs Stunden von Fuji gesichert. Kazuki Nakajima und Brendon Hartley waren das schnellste Duo am Fuße des Mount Fuji. Die Teamkollegen José María López und Kamui Kobayashi wurden auf die zweite Startposition verwiesen. Ganze 0,790 Sekunden betrug die Differenz der durchschnittlichen Rundenzeiten.
Auf der Seite der privat eingesetzten LMP1-Boliden setzten sich Gustavo Menezes und Norman Nato für Rebellion Racing durch. Der Rückstand des Duos auf die Rundenzeit der Polesetter betrug 1,15 Sekunden. Das LNT-Team, welches zwei Ginetta-Prototypen einsetzt, belegt in der Startaufstellung die Plätze vier und fünf. Ben Hanley und Egor Orudzhev fuhren fast 0,7 Sekunden langsamer als die Rebellion-Piloten. Charlie Robertson und Mike Simpson starten nach einem Dreher als Letzte des LMP1-Feldes.
Die LMP2-Klasse wird angeführt vom Team DC Racing aus China. Ho-Pin Tung und Gabriel Aubry distanzierten ihre Konkurrenz um fast 0,5 Sekunden. United Autosports konnte eine reine Jota-Startreihe verhindern – das DC-Auto wird ebenfalls durch die britische Mannschaft betreut. Filipe Albuquerque konnte die Jota-Piloten Roberto Gonzalez und Anthony Davidson noch von Rang zwei verdrängen.
In der GTE-Pro-Klasse setzte Porsche dort an, wo sie in Silverstone aufgehört hatten. Auftaktsieger Richard Lietz konnte mit einer guten Rundenzeit die Poleposition für sich und Gianmaria Bruni sichern. Daneben werden die Ferrari-Athleten Alessandro Pier Guidi und James Calado ihre Startposition einnehmen. Aus der zweiten Startreihe startet Aston Martin vor Ferrari.
Auch in der GTE-Am-Division sah es nach einer Poleposition für Porsche aus. Ben Keating und Felipe Fraga qualifizierten ihren Project-1-Porsche auf Rang eins. Allerdings stellten die technischen Kommissare fest, dass die Befestigungsschrauben des Schnellöffnungssystems der Türen nicht richtig befestigt waren. Aus diesem Grunde wurden dem Duo wegen eines Sicherheitsverstoßes alle Zeiten gestrichen. Nachrücken durfte TF Sport mit einem Aston Martin Vantage GTE.
